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长期以来，人们一直担心咖啡和咖啡因可能会增加癌症和心血管疾病的风险，但目前已有研究表明咖啡因对健康存在益处。
N Engl J Med（影响因子 74.699）发布过一篇综述，旨在研究咖啡因对人体各器官系统带来的影响。
咖啡也一直与肝脏健康的其他方面（包括反映肝损伤的酶水平较低，肝纤维化和肝硬化的风险较低）相关。咖啡因可通过腺苷受体拮抗作用预防肝纤维化，因为腺苷促进组织重塑，包括胶原产生和纤维蛋白生成。
与此观察相一致的是，咖啡因代谢物减少肝细胞内胶原沉积，在动物模型中，咖啡因抑制肝癌的发生。
一项随机试验显示，摄入含咖啡因的咖啡可降低丙肝患者的肝脏胶原水平，此外，咖啡多酚可通过改善脂肪稳态和减少氧化 应激，预防肝脏脂肪变性和纤维化。
不仅是肝脏，咖啡因摄入还会对人体各器官系统产生影响。
如可提高精神表现和警觉性，如短期内会使血压升高及降低骨骼肌、胰岛素敏感，但习惯性摄入会产生部分耐受；可降低帕金森病的患病风险；降低抑郁病风险，还有一定利尿作用等。
大量证据表明，摄入含咖啡因的咖啡不会增加心血管疾病和癌症的风险。相反，每天摄入3~5杯咖啡与几种慢性疾病的风险 降低相关。
然而，咖啡因摄入量过高会产生各种不良反应，建议未怀孕或不哺乳的成年人每天的咖啡因摄入量不超过400 mg，孕妇和哺 乳期妇女每天的咖啡因摄入量不超过200mg。
最后，这份调查报告也承认，目前的证据不保证推荐通过摄入咖啡因或咖啡来预防疾病，但提示对于未处于妊娠期或哺乳期 且无特定健康疾病的成人，适度饮用咖啡或茶可以成为健康生活方式的一部分。
