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豆按品质标准分成若干等级，标准因地而异，基本上根据大小及形状来确定，等级越高，品质越好。有瑕疵的咖啡豆的危害性相当大，其中包括：
变异豆: 不是平豆也不是圆豆，因发育畸形的原因，生豆在脱壳时中心部破碎。这种豆在烘焙时易出现不均匀。
发酵豆/黑豆: 加工过程或水洗过程中，豆内部发酵。有发酵异酸味。
未熟豆/死豆: 咖啡果未完全成熟时就收获。这种豆烘焙后呈象牙色，口味青涩。
霉豆: 加工、运输过程受潮、雨淋，霉菌滋生。只要有一粒豆生霉，就会很快波及其他，务必注意。
虫蛀豆: 被一种叫做果小蠹的害虫蛀蚀，豆上有虫眼，使咖啡产生异味。生豆有虫蛀的孔洞，超过3个孔就列入严重虫蛀。主要是受到Hypothenemus hampei ( 咖啡螟虫) 的侵入激腐臭味、浊味、霉味、刺激性酸味等，影响熟豆外观可能含有生物毒素。
局部酸豆、全酸豆： 生豆外观如缩水般皱褶。起因于营养不良，因此造就不出好咖啡的滋味，呈现干草味影响熟豆外观浮豆。呈现苍白外观，放入水中会浮起来。加工时过度干燥造成。有时有发酵味、霉味、土味等味道或异味不强烈，但是会影响咖啡的滋味。
破裂豆： 精制过程损伤，如脱壳、水洗等，有时破损边会变成黑色。有发酵味、霉味、土味等味道，烘焙时也较易碳化产生焦味。影响熟豆外观，过多碳化的成份会对健康产生不良的影响。 
未成熟豆： 包裹着黄绿苍白的银皮且不易剥离，生豆内弯。因为不成熟，豆子里的成份不足而且生涩 居多，有稻杆味或草青味，会严重破坏口感。影响熟豆外观。 异种豆: 比如阿拉比卡里面混入的罗布斯塔、园豆里面夹杂的平豆。
以下是挑选咖啡生豆时需要考虑的10个要素： 1. 生豆大小应该要非常相近。外型必须尽可能一致，色泽也应该接近。这个项目决定了经过烘焙之后的着色均匀度，以及烘焙后产生口感上的差异。例如：17/18在一起，15/16在一起，13/14在一起等，因为颗粒较小的豆子与颗粒较大的豆子同时烘焙，会得到不均匀的烘焙度，也因如此，杯中的表现也是不均匀的味道。生豆色泽不均匀归因于烘干程序的问题，而外型不均匀则有可能是因为不同树种混豆所造成。 2. 必须确定咖啡农、处理厂是以咖啡树地理生长区域、树种来分批次的，这些批次必须分开收成、分开处理，并各自杯测过，再决定是否要依比例混合存放。 3. 水洗处理的Arabica种生咖啡豆，外观上必须是色泽均匀且具有光泽的，不应有色度不均匀或是颜色浑暗的情形。咖啡豆的处理过程对生豆的品质有决定性作用，如果处理不当会造成咖啡豆的颜色浑浊。模样看上去糟糕的咖啡生豆做出来的咖啡味道也不会好。 4. 试图了解生豆烘干程序的细节，若这家庄园对于烘干程序花费很大心力来确保生豆都得到适当的干燥程度，这些努力都会反映在杯中的表现。使用阳台曝晒不当或是以烘干机使用不当，通常看外观就可以分辨出来：使用烘干机快速烘干，会使得生豆外观色泽浑浊，或是看起来偏向褐色；生豆外观有斑点，则可能是因为烘干程序太快，或在阳台上铺的厚度太薄，或是使用烘干机转速太慢。有些人建议先将生豆放在阳台曝晒一阵子将外皮晒干，再转入烘干机内，最后再取出以阳台曝晒做最后的干燥程序，他们相信这个做法有助于帮助色泽均匀。另外有些人则是每隔一段时间就将带壳豆放入烘干机中烘一次，之后再放回仓库中储存，如此一来豆子含水率就会比较一致，这个步骤非常重要，因为豆子外部的含水率与内部一定不一样。可以先询问烘干豆子使用的温度高低，如果超过摄氏42度出品就不会太好。 5. 不管买哪里的豆子都需要确认豆子一经采收后马上就送进处理厂处理，否则你就很有可能得到一杯发酵味过重的咖啡，因为咖啡豆一经摘采后便开始有发酵。再询问他们如何使用发酵槽？是否将浮在水面上的豆子挑除？经过去黏膜程序后是否依豆子硬度分开放到不同的水槽中？只有花费很多时间与心力在品质提升上的庄园才会了解这些步骤的重要性以及必要性。如果去黏膜程序与水洗处理同时在一个水槽内进行，通常在生豆表面会附有一些咖啡色的色彩，同样的情形也会发生在处理过的过熟豆上。 6. 干燥处理的生豆，其表面通常会附着着咖啡色的银皮，在巴西，人称这种情形为「Fox Bean」，并不列入瑕疵项目，一般新手挑豆员都会认为这是一种瑕疵，不过若你将这些豆子再以筛子稍微搓一搓，银皮就会脱落，所以这并不算是瑕疵；未完全成熟的豆子也会有银皮黏附在表面，但像前者那样的搓揉，无法脱除银皮。在水洗处理过的豆子里，「Fox Bean」呈现的画面酸度较高，果香较丰富，有时也会出现较多的里约味，关于味道的走向，就必须靠喝来判别了，而不是以目视观测。 7. 豆子夹缝中或是表面上是否有粉红色的银皮覆盖住呢？在某些区域，这个现象被视为是极大的缺陷，但大多数的人都会忽略掉这个瑕疵，理由很简单，因为在咖啡豆分级制度中并没有列举这一个项目为瑕疵豆标准，因此这类的咖啡豆可能被列为「Specialty﹝精品﹞」等级，进到买家手中。有这类情形的豆子，最好是与其它豆子分开杯测，以探知瑕疵程度是否很严重。 8. 生豆周围是否泛白或是颜色暗沉？形成原因是干燥时间不足，或是储存环境太过潮湿，在杯中的表现就是味道空空的，很枯燥乏味的味道。豆子周围泛白的情形也会发生在烘干过程不均匀的豆子中，意指同一颗豆子的其中一面被烘的较干，其它面可能还好。豆子泛白的成因来有氧化、与地面接触，或是被污水污染了。 9. 嗅闻生豆。发酵过度或是烟尘污染可以在此时发现，这些味道可能在烘焙完成后变得不易察觉。 10. 抓一把生豆，手感如何？如果它们的触感很脆，像玻璃一样，可能干燥过度或是烘干温度过高。如果摸起来触感太柔软，可能烘干程度不足，收到这样的豆子必须马上退货，因为在这种含水率底下的生豆极易发霉。
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