咖啡水洗法始于18世纪中期。水洗过程首先要将咖啡果实(红色樱桃)的果肉去除，接着用发酵槽去除残留在内果皮上的黏膜，豆子清洗过后加以干燥。非水洗法与水洗法的不同，在于非水洗法是干燥之后再去除果肉，而水洗法则是去除果肉后再干燥。 水洗法能通过每个步骤去除杂质(石头或垃圾等)与瑕疵豆，因此生豆的外观均一，普遍被认为具有高品质，交易价格也较自然干燥法精制的咖啡豆高。 但是工程分工越细，作业与卫生管理方面的手续也就越多，风险亦越高，因而水洗式不见得就等于高品质。水洗式咖啡最大的缺点在于，发酵过程中咖啡豆容易沾染上发酵的臭味，有些咖啡行家指出：“一颗有发酵味的咖啡豆会坏了50克的豆子。”豆子会沾上发酵味，绝大多数是因为发酵槽缺乏管理维护的关系。将内果皮上带着黏膜的咖啡豆浸泡在发酵槽中一个晚上就能够去除黏膜。但若是发酵槽中的微生物产生变化，会导致咖啡豆沾上发酵味。 另外，咖啡水洗法的设备成本较高，水洗的步骤也相当费工夫，生产成本也就相对提高了。
水洗法步骤： 1. 选豆： 将采收的果实放在装水的水槽里，浸泡约24小时。这时成熟的果实会沉下去，而未熟和过熟的果实会浮上来，可加以剔除。 2.去除果肉： 使用机器将果皮与果肉除去，只剩下包着内果皮的咖啡豆。这时，豆子的外面还有一层黏膜，水洗的过程就是要洗净这层黏膜。 3.发醇： 黏膜的附着力很强，并不容易去除，必须放在槽内约18-36小时，使其发醇，并分解黏膜。发酵的方法有两种，即湿行发醇与干式发醇，顾名思义，前者加水，后者不加水。发醇的过程中，种子和内部的果肉会产生特殊的变化，这是水洗法之中最影响咖啡风味的一个步骤。有些农场会添加热水或醇素，以加快发醇的速度，这对咖啡豆质量会有负面的影响，并不受精选咖啡爱好者欢迎。 4.水洗： 使用水洗法的农场一定要建造水洗池，并能够引进源源不绝的活水。处理时，是将完成发醇的豆子放入池内，来回推移，利用豆子的摩擦与流水的力量将咖啡豆洗到光滑洁净。 5.干燥: 经过水洗之后，这时，咖啡豆还包在内果皮里，含水率达50%，必须加以干燥，使含水率降到12%，否则他们将继续发醇，变霉腐败。较好的处理方法是使用阳光干燥，虽然得费时1个-3个星期，不过，风味特佳，相当受到喜爱。另外，有些地方使用机器干燥，大量缩短处理时间，使得风味不如阳光干燥的咖啡。 6.脱壳： 完成干燥的豆子便可以放在仓库里储存，或者交给工厂进行脱壳，除去内果皮与银膜。 7.挑选与分级： 与日晒发一样，水洗咖啡都也有挑寻和分级的过程，用来剔除瑕疵豆，并确保较佳的质量，再交给出口商卖到世界各地。
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